โรงเรียนอมก๋อยวิทยาคมได้ก่อตั้งตามนโยบายของรัฐบาล        เมื่อเดือน กรกฎาคม พ.ศ. 2499      ณ วัดแสนทอง เปิดสอนตั้งแต่ชั้น ม. 1 - ม. 3 โดยสังกัด กองการศึกษาพิเศษใช้ศาลาวัดแสนทองเป็นที่ทำการสอน   โดยมีนายอัมพร  โกศลสุมามาล ศึกษาธิการอำเภอ และนายสามดวง  ชิงชัย ผู้ช่วยศึกษาธิการอำเภอเป็นผู้สอน จนถึงวันที่  15  กันยายน  2499  ทางราชการได้แต่งตั้ง  นายทุน  สัมฤทธิ์   ครูโรงเรียนบ้านแอ่นวิทยาคาร  อำเภอฮอด  จังหวัดเชียงใหม่  โอนมาทำการสอนที่โรงเรียนนี้ถึงปี พ.ศ. 2500  ได้รับงบประมาณจากรัฐบาล  จำนวน  3,600  บาท  สร้างอาคารเรียนชั่วคราวขึ้นภายในบริเวณที่ดินของโรงเรียนชุมชนบ้านอมก๋อย  และได้ย้ายจากวัดแสนทอง  มาทำการสอน ณ อาคารเรียนชั่วคราว
ต่อมาได้รับงบประมาณจากกรมสามัญศึกษาจำนวน 6,000       บาท  เพื่อจัดซื้อที่ดินของ จ.ส.ต.สุริยนต์   มูลประเสริฐ  เนื้อที่  10 ไร่ 2 งาน   18 ตารางวา และที่จับจองไว้  รวมเป็นพื้นที่ทั้งหมด  48  ไร่   1  งาน   14  ตารางวา  ซึ่งเป็นพื้นที่ตั้งโรงเรียนอมก๋อยวิทยาคม ปัจจุบัน  เมื่ออาคารเรียนหลังใหม่แล้วเสร็จเรียบร้อย จึงย้ายจากโรงเรียนชุมชนบ้านอมก๋อยมาทำการสอนตั้งแต่วันที่  1 มกราคม  2502
                เมื่อปี พ.ศ.  2505 โรงเรียนได้ยุบชั้นเรียน ม.1 เปลี่ยนเป็นชั้น ป.5 - ป.7 จนถึงวันที่ 19 เมษายน 2519   และได้รับคำสั่งจากกระทรวงศึกษาธิการที่ ศธ. 273/2519     และประกาศของกระทรวงศึกษาธิการ เรื่อง  ให้ยุบเลิกโรงเรียนประถมศึกษาสังกัดกรมสามัญศึกษาไปรวมกับโรงเรียนมัธยมศึกษาโดยให้โอนข้าราชการ  ลูกจ้าง  ทรัพย์สิน  หนี้สินและเอกสารต่างๆ  ของโรงเรียนประถมศึกษา  สังกัดกองการประถมศึกษา  เป็นของโรงเรียนมัธยมศึกษาสังกัดกรมสามัญศึกษา  กระทรวงศึกษาธิการ  ตั้งแต่วันที่  20  เมษายน  พ.ศ.  2519 เป็นต้นมา
                ปัจจุบันโรงเรียนอมก๋อยวิทยาคม   ตั้งอยู่เลขที่ 367 หมู่ 1 ถนนเจริญทัศนา  ตำบลอมก๋อย  อำเภออมก๋อย  จังหวัดเชียงใหม่   สังกัดสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาเชียงใหม่ เขต 5    เปิดสอนตั้งแต่ระดับชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 1 ถึงระดับชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 6 มีเขตพื้นที่บริการ  5  ตำบล   ได้แก่   ตำบลอมก๋อย  ตำบลยางเปียง  ตำบลสบโขง  ตำบลนาเกียน  ตำบลม่อนจอง  ตำบลบ่อหลวง  อำเภอฮอด  บางส่วน